Ο Σταύρος Ιωάννου ανδρώθηκε σαν επαγγελματίας ποδοσφαιριστής με τα χρώματα του Πανεραικού, στον οποίο αγωνίστηκε από το 1989 έως και το 1996, με τον ίδιο να αγωνίζεται σε 3 πρωταθλήματα Α Εθνικής (τις χρονιές 1991-92, 1994-95 και 1995-96). Το καλοκαίρι του 1996 μεταγράφηκε στον Πανηλιακό, με τον οποίο αγωνίστηκε στο πρωτάθλημα της Β΄ Εθνικής έως και τον Ιανουάριο του 1997, όποτε και πήρε μεταγραφή στον Φωστήρα. Με τη φανέλα της ομάδας του Φωστήρα, ολοκλήρωσε τη χρονιά 1996-97, αγωνιζόμενος στην Α΄ Εθνική.